Der Erfolg belohnt die kulinarische Entwicklung von Nils Henkel und seinen Teams im Laufe der Jahre immer wieder. Der Gault Millau zeichnete Henkel 2009 zum Koch des Jahres aus. 2010 erschien sein erstes Kochbuch Pure Nature im Fackelträger Verlag und er wurde von der FAZ zum Liebling der Jahres als Gemüsekoch ausgezeichnet. Die Leser des Diners Club Magazins wählten ihn ebenfalls 2010 zum innovativsten Koch des Jahres.
Im Jahr 2012 kürte ihn das Branchenmagazin RollingPin im Rahmen der Leaders of the Year Awards zum Koch des Jahres. 2017 wurde Nils Henkel vom Magazin „Der Feinschmecker“ zum Koch des Jahres ausgezeichnet. 2020 wurde Nils Henkel von der FAZ erneut zum Liebling des Jahres ernannt, diesmal für das spannendste Comeback des Jahres. 2021 erscheint sein zweites Kochbuch Flora mit seinen vegetarischen Gerichten und wird mit zwei Goldmedaillen und zwei Silbermedaillen ausgezeichnet. Nils Henkel ist seit 2006 Mitglied bei den Jeunes Restaurateurs in Deutschland.